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一、户口不在一起怎么证明父子关系
1、不在一个户口本上，要证明父子关系，可以开出证实父子关系的证明，按照公安户籍管理规定，去村或者居委开出证实父子关系证明，凭证明带上户口本到户口所在地派出所出意见，并加盖派出所公章。
2、法律依据：《中华人民共和国户口登记条例》第五条
户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。
二、申请开具父子关系证明需要什么材料
1、当事人的身份证及复印件；
2、本人人事档案管理部门出具的盖有人事、劳资、组织专用章的证明材料；
3、当事人的亲属在境外，则还需提供境外亲属的来信。证明信参考样本中“域外亲属关系”一栏要求开具；
4、如果委托他人代办，受托人还要提供当事人的委托书及受托人的身份证及复印件。
户籍不在一起时，证明父子关系可以通过以下方式：
1、出生证明：如果存在出生证明，可以作为证明父子关系的直接证据。
2、户口簿记录：如果父子双方曾经在同一户口簿上有过记录，可以通过查询户口簿的历史记录来证明关系。
3、亲属关系公证：可以携带相关证明材料，到公证处进行亲属关系证明的公证。
4、亲子鉴定：在无法提供上述证明材料的情况下，可以通过进行亲子鉴定来证明父子关系。
在证明父子关系时，可能需要的其他证明材料和步骤包括：
1、结婚证：如果父母的婚姻关系可以通过结婚证证明，这也有助于证明父子关系。
2、公安机关证明：可以向户籍所在地的公安机关申请开具亲属关系证明。
3、法医学鉴定书：在特殊情况下，如亲子鉴定无法进行，可以通过法医学鉴定来证明血缘关系。
4、其他证明材料：如独生子女证、收养证等，也可以作为证明父子关系的辅助材料。
综上所述，即使户籍不在一起，仍有多种方式可以证明父子关系，包括出生证明、户口簿记录、亲属关系公证、亲子鉴定等。
法律依据：
《中华人民共和国户口登记条例》
第五条
户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。
第六条
公民应当在经常居住的地方登记为常住人口，一个公民只能在一个地方登记为常住人口。
第七条
婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。
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