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《五藏山经》对不同地带动植物的记述，也很符合实际。如对西部高山地区的描写：申首之山，无草木，冬夏有雪。《南山经》中记有多桂、多象、多白猿等，反映了热带和亚热带的特点；《中山经》则有多桑、多竹箭、多漆等，反映了黄河以南到长江中游地区的特点；《北山经》有多马、多橐驼的描述；《西山经》有多松、多犀兕熊罴等；《东山经》写东部沿海地区多茈鱼、多文贝等。《五藏山经》还记载金属矿产地点170 多处和许多玉石的产地。
《五藏山经》中出现了200余次动物名称，分别记录了112种不同的动物。这部分内容，历来就有不同的看法，因为这些名称，今天看来是稀奇古怪的，动物的形态描述也难于令人置信。而且往往见到这些动物时，记录说会“天下大穰”或“天下大兵”“天下大水”等等。有人认为这些动物描述，科学意义不大，神话成分居多。但若剔去那些荒诞的部分，就是我们熟悉的动物。它们不外乎是猿猴类（灵长类）、偶蹄类、狐犬类、虎豹类、鼠类、飞禽类等动物。似牛的动物有18种，出现40余次。似鹿的动物有10种，出现31次，似虎豹的动物有11种，出现27次，似狐犬的动物有20种，出现20次，似羊的动物9种，出现20次。出现较多的有麋、虎、豹、牛、鹿、羚羊、犀、兕、象、马等。现在犀在中国已绝迹了。像当时分布在中山、南山和西山区域，今天分布区已大大缩小。当时气候较今天暖湿。沙漠之舟的骆驼在北山经里出现过两次。东次二经提到犰狳，是否与南美洲的犰狳相似，这些问题都值得研究。此外记载的动物还包括鱼类、蛇类、腹足类、两栖类等。这些动物及其分布区的记载，实际上也是珍贵的科学资料。
《五藏山经》的末尾说：大凡“天下名山，经五千三百七十山，六万四千五十六里，居地也。言其五藏，盖其余小山甚众，不足记云。”实际上，列出名称的山只有460座，水名记载了260余条。国内一些学者，如侯仁之、谭其骧、王成组等把山经所提到的一些山名和水系绘制成地图，与今天的山、水分布图相对照。
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